ในปี ค.ศ. 1869 เน็ด เคลลี ในวัย 14 ปี ได้ถูกจับกุมจากเหตุทำร้ายหมูของชาวจีนคนหนึ่งชื่อ อาฟุก[6] จีนอาฟุกได้กล่าวหาเขาว่าถูกเน็ดปล้นทรัพย์ ส่วนเน็ดก็ได้กล่าวว่าจีนอาฟุกมีเรื่องวิวาทกับแอนนี่ พี่สาวของเขา ผลปรากฏว่าเน็ดถูกขังคุก 10 วันก่อนที่จะได้รับการปล่อยตัว นับตั้งแต่นั้นมาฝ่ายตำรวจก็เริ่มจับตามองเน็ดว่าเป็น "โจรป่าหนุ่ม" ("juvenile bushranger" - ดูคำอธิบายในเชิงอรรถด้านล่าง[7])

ในปีต่อมา เน็ดถูกจับกุมและกล่าวหาว่าเป็นผู้สมรู้ร่วมคิดกับแฮรี พาวเวอร์ ซึ่งเป็นอาญชากรประเภท "โจรป่า" ที่ทางการต้องการตัวมากในขณะนั้น การพิจารณาคดีนี้ในชั้นศาลปรากฏว่าไม่มีหลักฐาน เน็ดจึงได้รับการปล่อยตัวหลังถูกจำคุกนาน 1 เดือน ทัศนะของนักประวัติเกี่ยวกับคดีนี้มีต่างๆ กัน บ้างก็มองว่าคดีนี้เป็นหลักฐานของการรังควานต่อเน็ดจากฝ่ายตำรวจ บ้างก็เชื่อว่าญาติของเน็ดข่มขู่พยานในคดีนี้จนทำให้บรรดาพยาต่างไม่เต็มใจที่จะมอบหลักฐานให้ฝ่ายตำรวจ ทั้งนี้อาจสันนิษฐานได้จากว่าเจมส์ ควินน์ ตาของเน็ด เป็นเจ้าของที่ดินขนาดใหญ่ในแถบต้นแม่น้ำคิง (King River) ซึ่งเป็นที่รู้จักกันในชื่อ "เกลมอร์สเตชัน" (Glenmore Station) และเป็นสถานที่ที่แฮรี พาวเวอร์ ถูกจับกุมตัว

เดือนตุลาคม ค.ศ. 1870 เน็ด เคลลีถูกจับอีกครั้งจากการทำร้ายพรานเหยี่ยว (hawker) ชื่อ เยเรเมียร์ แมคคอร์แมค (Jeremiah McCormack) และการส่งจดหมายหุ้มด้วยหนังอัณฑะลูกวัวไปยังภรรยาวัยสาวของแมคคอร์แมค อันเป็นการกระทำที่หยาบคาย คดีนี้มีสาเหตุมาจากวันก่อนหน้าที่เน็ดจะถูกจับนั้น นายพรานแมคคอร์แมคได้กล่าวหาเบน โกลด์ (Ben Gould) มิตรคนหนึ่งของครอบครัวเคลลี ว่าเอาม้าของเขาไปใช้โดยไม่ขออนุญาต โกลด์ได้เขียนจดหมายชี้แจงถึงแมคคอร์แมค ส่วนเน็ดก็ได้ส่งจดหมายนี้ผ่านทางญาติคนหนึ่งของเขาไปยังภรรยาของแมคคอร์แมค ในครั้งนี้เน็ดถูกตัดสินโทษแต่ละคดีให้ใช้แรงงานหนัก 3 เดือน